因事故而失去双亲的有里凑，因为家庭原因转校到“私立月光馆学园”的高中部。 在入住学生宿舍后不久，他就被奇形怪状的怪物Shadow袭击，令隐藏在他体内 Persona的能力觉醒。因为这个契机，有里凑被迫得知这个被掩盖的世界真实的一端。 那就是“影时间”。 在月光馆学园理事长几月修司领导下，少年少女们组成了“特别课外活动部”。 有里凑则成为特别课外活动部的队长，与危害人类的Shadow作战。