在日本这个国家的黑暗里，有鬼怪栖息着──还有，这黑暗的以神剑除魔的人…… 人世间混乱时，鬼就开始跋扈了！在幕府末期，动乱的时代，因为过激派浪士和暗夜里的鬼关係，首都一片腥风血雨，化成了杀戮之都，因此，幕府为了镇压浪士，设立武装军事警察「新撰组」。然后针对暗夜里的“鬼”，带着神剑前往暗夜里除魔的人……组织了「神剑组」！