平凡的小学三年级的小学生高町奈叶和一个来自为太古遗产进行挖掘而来异世界米德芝尔达的尤诺·斯克莱亚的魔法邂逅下，成为了与尤诺一起对平行次元中存在的高度科技的文明的遗产——“圣石之种”进行收集的魔法少女。