西元二〇九六年七月，魔法科高中生的夏季最大活动—— 通称「九校战」的全国魔法科高中亲善魔法竞技大会，今年也照例举办。 但今年的「九校战」和以往不同， 竞赛项目与规则都有所更动。 距离开赛只剩一个月的这个阶段无预警地大幅变更， 各魔法科高中被迫临时採取应对措施。 如此忙碌的某一天， 负责规画九校战作战的达也收到了一封匿名电子邮件。 那封信中，暗示新的阴谋将以九校战为舞台进行—— 光鲜亮丽的竞赛背后却展开一场暗斗。 达也穿梭在白天依然阴暗的富士人工树海，挑战背信的阴谋！ 「第二学年系列」九校战篇登场！