时值明治。距离帝都遥远的山口县小村庄，发生一夜间遭全灭之事件。陆军特秘机关零武队着手调查此一事件，零武队队长之子日明天马与友人帝月、琉璃男同时来到赤间关（现在的下关市）。 在这儿，他们看到的是——「不可能存在于这个世上的东西」！